Prace badawcze w obszarze bibliotek cyfrowych rozpoczęto w PCSS w 1996 roku. Ich pierwotnym celem było stworzenie oprogramowania do budowy bibliotek cyfrowych. Dało to początek projektowi dLibra, w ramach którego prace rozpoczęto w 1999 roku. W roku 2002 system dLibra został użyty do budowy Wielkopolskiej Biblioteki Cyfrowej (WBC). Od roku 2004 Zespół Bibliotek Cyfrowych rozpoczął regularne organizowanie warsztatów „Biblioteki cyfrowe”.W połowie 2007 roku w PCSS uruchomiono Federację Bibliotek Cyfrowych (FBC) – usługę integrującą sieć polskich bibliotek cyfrowych.
Rok 2008, poza kolejnymi wdrożeniami oprogramowania dLibra, przyniósł włączenie się PCSS w prace w dwóch dużych projektach europejskich związanych z bibliotekami cyfrowymi: ENRICH i EuropeanaLocal. Ponadto w tym roku V edycji Warsztatów „Biblioteki cyfrowe” po raz pierwszy towarzyszyła konferencja „Polskie Biblioteki Cyfrowe”.
W roku 2009 dLibra po raz pierwszy została testowo wdrożona poza granicami Polski – w Szwecji i na Ukrainie. Poza tym wspólnie z Muzeum Narodowym w Warszawie rozpoczęto prace nad stworzeniem systemu do budowy muzeów cyfrowych o nazwie dMuseion. W tym roku również zakończone zostały prace w ramach projektu ENRICH, a rozpoczęty został nowy międzynarodowy projekt Access IT związany ze szkoleniami na temat bibliotek cyfrowych w Grecji, Serbii i Turcji. Ponadto w ramach projektu EuropeanaLocal informacje o 250 000 obiektów z polskich bibliotek cyfrowych zostały przekazane do II Konferencja „Polskie Biblioteki Cyfrowe” oraz VI Warsztaty „Biblioteki cyfrowe”, a także zgromadzenie w FBC informacji o ponad 300 000 obiektów cyfrowych.
Na początku roku 2010 udało się połączyć Federację Bibliotek Cyfrowych z portalem DART-Europe, dzięki czemu w portalu tym pojawiły się informacje o obronionych w Polsce pracach doktorskich, publikowanych na zasadach Open Access przez kilkadziesiąt polskich uczelni. W tym samym czasie PCSS przyłączył się również do projektu badawczego IMPACT, w ramach którego Zespół Bibliotek Cyfrowych PCSS wraz z Katedrą Lingwistyki Formalnej UW zajmuje się mechanizmami OCR dla polskich starodruków. W sierpniu 2010 r. rozpoczął się projekt SYNAT, realizowany w ramach programu badań strategicznych Narodowego Centrum Badań i Rozwoju. W projekcie tym Zespół Bibliotek Cyfrowych PCSS realizuje prace badawcze związane z architekturą usług informacji naukowej oraz z dostępem i wykorzystaniem cyfrowych danych źródłowych w naukach humanistycznych. Ponadto PCSS jest również odpowiedzialny za opracowanie prototypów Zintegrowanego Systemu Wiedzy oraz Wielofunkcyjnego Repozytorium Danych Źródłowych. W październiku odbyła się w Poznaniu trzecia już konferencja „Polskie Biblioteki Cyfrowe”, współorganizowana przez PCSS. Innym ważnym wydarzeniem października było opublikowanie pierwszej wersji kursów e-learningowych Access IT. Ostatni miesiąc 2010 r. przyniósł rozpoczęcie projektu badawczego Wf4Ever. Łączna liczba publikacji dostępnych przez FBC przekroczyła w tym miesiącu 0,5 miliona. Łącznie w 2010 r. wdrożonych zostało 10 nowych instalacji systemu dLibra, w tym dwie za granicą – w Belgradzie (Serbia) i Jerozolimie (Izrael).